機(jī)器提供的最新疑犯是一個(gè)國際商人，詹姆斯·孔，孔本應(yīng)前往倫敦，但在紐約稍事停留。原來他認(rèn)為自己得了感冒，里瑟尾隨他到了醫(yī)院。醫(yī)生為他注射了流感疫苗。終于，肖逃跑成功，她用消防斧一路挖到了一座監(jiān)獄，通過跟犯人交談，肖得知自己在南非約翰內(nèi)斯堡。福思科通過調(diào)查黑道使用的卡車，找到伊里艾斯之前的手下，通過索要卡車司機(jī)的名單，查到了杰夫，殺死克魯帕的兇手（第5集）。　　孔猝然倒地，護(hù)士在第一時(shí)間為孔進(jìn)行了電擊復(fù)蘇，但孔還是難免一死。醫(yī)生找不到其中的原因，因?yàn)榱鞲屑炔粫溃膊粫卵ａt(yī)生對醫(yī)院進(jìn)行了封鎖，芬奇也趕來了現(xiàn)場，和里瑟一起進(jìn)行調(diào)查。醫(yī)院里，有人通過手機(jī)看到新聞，得知醫(yī)院封鎖的原因可能是高致命性傳染性病毒，人群開始恐慌。孔的尸檢結(jié)果顯示，在進(jìn)醫(yī)院前，孔就得了H5N1型禽流感，再加上為他注射的減毒性人流感病毒，兩者是致命而且傳染的。　　疫情開始蔓延，有人開始咳血。杰夫也在醫(yī)院，他被撒瑪利亞的人員派到這里，并被指示殺死并陷害三名醫(yī)生。通過和根溝通，芬奇發(fā)現(xiàn)幕后操縱者，依舊是撒瑪利亞。這三名醫(yī)生發(fā)現(xiàn)了醫(yī)療系統(tǒng)的漏洞，而撒瑪利亞是醫(yī)療系統(tǒng)的建設(shè)者，這對撒瑪利亞是威脅，于是撒瑪利亞試圖偽造一起疫情，并陷害于三位醫(yī)生。里瑟發(fā)現(xiàn)了杰夫，但沒能阻擋杰夫注射病毒到其中一個(gè)醫(yī)生和福思科體內(nèi)。事后杰夫逃脫了。機(jī)器根據(jù)病毒找到了抗病毒劑，根偽裝成醫(yī)護(hù)人員把這些抗病毒劑送到了醫(yī)院，控制了疫情。　　格瑞爾的手下攔住了肖，他試圖改變肖的想法，讓她覺得這次逃跑仍是模擬，但肖沒有聽信。肖開槍殺死格瑞爾的手下，逃出監(jiān)獄。肖開上一輛卡車，聽到了廣播中紐約疫情的消息。福思科申請調(diào)離，取消和里瑟搭檔，因?yàn)樗麑锷[瞞真相一事再也無法忍受。杰夫和撒瑪利亞的手下進(jìn)行交談，原來撒瑪利亞在利用這次疫情，采集市民的DNA，以實(shí)現(xiàn)控制人類的目的。